華東理工大學生物工程學院成立于1996年，其前身是1955年國內最早的抗生素制造工學專業(yè)，1980年調擴為全國最早的生化工程專業(yè)，并與生物化學專業(yè)合并成立生化工程系。1991年被批準授予全國第一個生物化工博士點；1991年被批準籌建生物反應器工程國家重點實驗室，1995年通過驗收；1996年成立國家生化技術工程研究中心（上海），2001年正式通過驗收；1999年被批準設立“長江學者獎勵計劃特聘教授崗位”；2000年生物化工被批準為上海市重點學科，2001年被批準為國家重點學科；2003年被批準為發(fā)酵工程博士學位授權點，2007年發(fā)酵工程被批準為上海市重點學科；2008年被批準建設上海市發(fā)酵工程實驗教學中心，2012年通過驗收；2008年生物工程被批準為國家特色專業(yè)，2012年生物工程專業(yè)入選教育部卓越工程師教育培養(yǎng)計劃第一批試點專業(yè)。在學科的建立與發(fā)展中獲得了多個全國第一或上海第一，在國內同類學科中處重要地位。
學院目前設有化學工程與技術、輕工技術與工程2個博士后流動站；有1個一級學科博士點（輕工技術與工程）；4個二級學科博士點（生物化工、發(fā)酵工程、生化與分子生物學、生物工程與技術）；7個碩士點(生物化工、發(fā)酵工程、生物化學與分子生物學、生物工程與技術、食品科學、微生物學、海洋生物學)；2個工程碩士領域（生物工程領域、食品工程領域）；3個系（生物工程系、應用生物學系、食品科學與工程系）5個本科專業(yè)（生物工程、生物科學、生物技術、食品科學與工程、食品質量與安全），擁有國內一流、世界先進水平的科研裝備。
學院擁有國內外頂尖的學科帶頭人和一大批中青年學術帶頭人及學術骨干，師資力量雄厚，梯隊結構合理。有專職教授32人（正高），博士生導師23人，副教授46人（副高），碩士生導師54人。有1人入選國家“千人計劃”，1人被聘教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授， 4人入選教育部“新世紀優(yōu)秀人才培養(yǎng)計劃”，“973”首席科學家1名，“863”領域專家2名。在讀的本科生1200余名，碩士生640余名，博士生160余名。
學院依托生物反應器工程國家重點實驗室和國家生化技術工程研究中心（上海），在生物化工和發(fā)酵工程方面的相關專業(yè)設置齊全，上中下游生物技術結合緊密，實現(xiàn)了產(chǎn)品與工藝開發(fā)、過程與設備放大直至工程化技術的一體化?？蒲袟l件優(yōu)越，承擔科研項目勢頭強勁，國家“八五”至 “十二五”期間研究項目數(shù)、經(jīng)費數(shù)在全國生物化工和發(fā)酵工程領域名列前茅。為國家培養(yǎng)出了大批優(yōu)秀的專業(yè)人才。
學院具有明顯的專業(yè)特色和優(yōu)秀的辦學水平。近年來獲得國家科技進步二等獎2項，國際學術獎3項，其他省部級獎勵10余項；獲省部級以上教學（材）獎項6項，其中國家教委教學成果二等獎1項?！栋l(fā)酵工程》、《酶工程》、《生物分離工程》成為國家精品課程；《基因工程》、《生物化學》成為上海市精品課程；《發(fā)酵工程》等十余本教材已進入了國家十一五規(guī)劃。
近年來主辦國際會議：“首屆亞洲生物技術大會”（Asian Congress on Biotechnology，2011）；“生物過程與生物系統(tǒng)工程國際學術研討會” （International Symposium on Bioprocess and Biosystems Engineering，2009）；13屆國際生物技術大會暨展覽會（13th International Biotechnology Symposium & Exhibition ，IBS-2008）；第一屆清潔能源技術國際研討會（International Symposium on Clean Energy Technology, ISCET 2007）暨第三屆國際生物技術與生物過程工程國際研討會（International Symposium on Bioenergy and Bioprocess Engineering, ISBBE 2007）；生物催化與生物加工國際研討會（ISBBE, 2005）；生物過程與生物分子工程國際研討會（ISBBE, 2003）。學院在國內外的學術界廣泛地進行著合作與交流，在國內外享有很高的知名度。
學院與多家大中型企業(yè)成立了聯(lián)合體，形成了國內典型的產(chǎn)學研聯(lián)合實體，為促進學科發(fā)展做出了貢獻。
