生物工程學(xué)院是學(xué)院下屬的骨干二級學(xué)院之一。學(xué)院現(xiàn)設(shè)有生物技術(shù)及應(yīng)用、生物制藥技術(shù)、食品生物技術(shù)、園林技術(shù)4個專業(yè)，其中生物技術(shù)及應(yīng)用專業(yè)為省高等學(xué)校特色專業(yè)、中央財政支持的骨干重點(diǎn)建設(shè)專業(yè)，園林技術(shù)專業(yè)為中央財政支持的重點(diǎn)建設(shè)專業(yè)，生物制藥專業(yè)為院級重點(diǎn)專業(yè)。擁有全國生物技術(shù)及應(yīng)用專業(yè)骨干教師師資培訓(xùn)基地、省級現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術(shù)培訓(xùn)基地、濱州市農(nóng)業(yè)生物工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室各一個。
學(xué)院現(xiàn)有在校生600余人，教職工31人，其中教授4人、副教授12人，博士3人、碩士23人，具有豐富的生產(chǎn)實(shí)踐和教學(xué)經(jīng)驗(yàn)的“雙師型”教師22人、其比例達(dá)70%，聘請企業(yè)兼職教師52人。教師隊伍中，生物技術(shù)及應(yīng)用專業(yè)和園林技術(shù)專業(yè)教學(xué)團(tuán)隊為省級教學(xué)團(tuán)隊， 2人為濱州市有突出貢獻(xiàn)的中青年專家，有1名省級教學(xué)名師，2名院教學(xué)名師。學(xué)院現(xiàn)有國家精品課程2門、兩個國家級精品共享教學(xué)資源庫立項建設(shè)項目、省級精品課程6門、院級精品課程10門，教師主編“十一五”高職高專規(guī)劃教材4部。參與國家自然科學(xué)基金項目和“863”項目各1項，主持市級以上科研項目8項，各項專利6個，在各類專業(yè)學(xué)術(shù)和教育期刊發(fā)表論文815篇，獲市級以上科研、教學(xué)成果獎18項，其中“基于ADDIE模型構(gòu)建高職教育實(shí)踐教學(xué)體系---以生物技術(shù)及應(yīng)用專業(yè)為例”獲第六屆山東省優(yōu)秀教學(xué)成果一等獎。
學(xué)院現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)實(shí)訓(xùn)室2800平方米，建有植物組培中心、發(fā)酵實(shí)訓(xùn)室、啤酒發(fā)酵實(shí)訓(xùn)室、生物分離提取實(shí)訓(xùn)室、生物制藥實(shí)訓(xùn)室、產(chǎn)品分析檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室等15個，儀器設(shè)備總值近1000萬元，依托生物工程學(xué)院建立了濱州市農(nóng)業(yè)生物工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。同時，擁有濱州綠都生物技術(shù)有限公司、山東東方花卉有限責(zé)任公司、青州堯王制藥有限公司、濱州沃華生物工程技術(shù)公司、齊魯制藥有限公司、青島正樂食品有限公司、山東信立泰生物技術(shù)公司等校外實(shí)訓(xùn)基地40家，成立了濱州市生物工程職業(yè)教育董事會。良好的校內(nèi)、外實(shí)訓(xùn)條件，為學(xué)生實(shí)習(xí)實(shí)訓(xùn)和實(shí)習(xí)就業(yè)提供了保障，滿足了各專業(yè)實(shí)踐教學(xué)的需要，學(xué)生技能培養(yǎng)水平不斷提高。近年來，學(xué)生參加各類技能大賽均取得優(yōu)異成績，近年來參加的職業(yè)技能大賽獲團(tuán)體一等獎2個、二等獎2個、三等獎2個；學(xué)生個人獲一等獎5個、二等獎10個、三等獎4個。
學(xué)院以悠久的辦學(xué)歷史、鮮明的專業(yè)特色、畢業(yè)生良好的綜合素質(zhì)和扎實(shí)的基本功而享譽(yù)社會，58年的辦學(xué)，桃李芬芳，已培育學(xué)子近2萬，為社會經(jīng)濟(jì)建設(shè)做出了突出貢獻(xiàn)。目前，學(xué)院確立了“素質(zhì)立院、能力強(qiáng)院、服務(wù)興院”的辦學(xué)理念，以服務(wù)當(dāng)?shù)亟?jīng)濟(jì)建設(shè)為己任，優(yōu)化專業(yè)結(jié)構(gòu)，完善培養(yǎng)方案，改進(jìn)辦學(xué)條件，加強(qiáng)校企合作，大力推行工學(xué)結(jié)合，突出實(shí)踐能力培養(yǎng)，重視綜合素質(zhì)培養(yǎng)，以滿足地方社會經(jīng)濟(jì)發(fā)展對高技能人才的需求。
